Говоря о путях реформирования местного самоуправления, нельзя обойти вниманием проблему взаимоотношений муниципальных органов и органов государственной власти. Правовые основы этих взаимоотношений установлены в ст. 12 Конституции РФ, где сказано, что органы местного самоуправления самостоятельны в пределах своей компетенции и не входят в систему органов государственной власти.Федеральный закон «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации», изданный в 1995 г., т. е. вскоре после принятия Конституции РФ, содержал прямой запрет для органов государственной власти образовывать органы местного самоуправления и назначать должностных лиц местного самоуправления. Несколько позднее Конституционный Суд РФ, истолковывая содержание ст. 12 Конституции РФ, определил право населения и избираемых им представительных органов местного самоуправления самостоятельно без вмешательства органов государственной власти формировать органы местного самоуправления, в том числе избирать главу администрации муниципального образования.В новом Федеральном законе от 6 октября 2003 г. № 131-ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» указанного запрета уже нет. Однако установлены случаи, когда органы государственной власти и их должностные лица могут участвовать в формировании органов местного самоуправления. Если глава местной администрации назначается по результатам конкурса на замещение данной должности, 1/3 состава конкурсной комиссии в муниципальном районе, городском округе назначается законодательным (представительным) органом субъекта Федерации по предложению высшего должностного лица субъекта Федерации, а 2/3 состава комиссии — представительным органом муниципального района, городского округа. По заявлению высшего должностного лица субъекта Федерации контракт с главой местной администрации может быть расторгнут по соглашению сторон или в судебном порядке в связи с нарушением условий контракта, касающихся осуществления отдельных государственных полномочий, переданных органам местного самоуправления федеральным законом или законом субъекта Федерации.В 2007 г. законодательно установлена оценка эффективности деятельности органов местного самоуправления, перечень показателей для которой определяется Президентом РФ. В 2010 г. Указом Президента РФ такой перечень был определен и установлена обязанность глав местного самоуправления муниципальных районов и городских округов ежегодно представлять в высший исполнительный орган государственной власти субъекта Федерации доклады о достигнутых значениях показателей для оценки эффективности деятельности соответствующих органов местного самоуправления за отчетный год и о планируемых значениях на трехлетний период.