Для поиска ответа на вопрос какова роль некоторых экологических факторов в формировании гетерогенной вирусной популяции проведен анализ распространения генотипов вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) в различных типах ландшафтов Восточной Сибири. В ходе исследования показано, что ареал ВКЭ на всех обследованных ландшафтных территориях Восточной Сибири представлен не только ВКЭ генотипа 3, абсолютное доминирование которого отмечено в изученных районах, независимо от того в каких ландшафтных зонах расположены очаги, но и штаммами других генотипов. Связь генотипов 1, 3 и «политиповых» штаммов с определенным видом ландшафта и степенью их освоенности человеком не установлена. Преобладающее количество штаммов ВКЭ генотипа 5 выделено из материала, собранного в Забайкалье, в ландшафтах горной тайги. Они, так же, как и штамм генотипа 4, обнаруживаются в очагах, где отмечена совместная циркуляция нескольких генотипов ВКЭ. Штаммы ВКЭ генотипа 2 выявлены в ландшафтах тайги равнин и плато и островных степей и лесостепей южной части Предбайкалья. Кроме того, обнаружение РНК ВКЭ генотипа 2 в составе «политиповых» штаммов 763-87 и 765-87, выделенных в пойменных и лесостепных ландшафтах Баргузинской котловины, не исключает вероятность циркуляции ВКЭ генотипа 2 в очагах Забайкалья. Наибольшая генетическая вариабельность отмечена в районах, располагающихся вдоль озера Байкал, а также в юго-восточной части Забайкалья.